Trong kỹ thuật vận hành hệ thống xử lý nước thải, việc thiết lập thông số vận hành cũng như giám sát là một điều cực kỳ quan trong. Không chỉ giúp người vận hành có thể kiểm soát được thông số vận hành, thực hiện điều chỉnh thông số vận hành khi có bật kỳ một thay đổi nào từ đầu vào hệ thống xử lý nước thải.

Hiện nay có nhiều nhà máy xử lý nước thải sử dụng công nghệ sinh học để xử lý nitơ và phốt pho, nhu cầu sử dụng nguồn carbon để khử nitrat và axit béo dễ bay hơi (VFA) để hỗ trợ quý trình tích lũy phospho của vi sinh vật ngày càng tăng. Vì vậy, nhân viên nhà máy cần phải xem xét và đánh giá các nguồn carbon phù hợp với mục tiêu xử lý của nhà máy.

Men vi sinh xử lý nước thải là các chủng vi sinh vật có khả năng xử lý nước thải tốt nhất phân lập trong phòng thí nghiệm, sau khi được nhân giống ở điều kiện môi trường thích hợp sẽ được thu gom và xử lý thành dạng men vi sinh. Tuy vào từng công nghệ sản xuất chế phẩm vi sinh người ta có thể đưa nó vào môi trường khác nhau như dạng lỏng (men vi sinh dạng lỏng) hoặc dạng rắn (men vi sinh dạng bột).